对乡镇进行离任审计，应围绕乡镇经济发展、财政财务收支等经济活动中经济责任履行情况进行,但是，乡镇经济发展是个综合概念，其涵义广、涉及面宽，不同于其他行政事业单位，因此，对事后开展离任审计，存在诸多难点，主要表现在：
一、调动频繁。离任者、继任者双方未做书面财务交接手续，只是口头交接，双方责任不清，工作没有连续性，混淆事项难划分。
二、离任者在位期间，在时间上与会计年度不能相匹配，有的干部离任或接任时间仅占一个年度的一个月，时间短，对业绩评价不科学；在经济指标考核上，财政体制及其他经济政策的变动、调整，数字口径分析难以做到统一。
三、如何挤出“水份”。工农业生产总值、国民生产总值、农民人均纯收入、财政收入等经济指标涉及乡镇各行各业，如何正确反映，客观评价，需要具备良好的审计环境。
四、镇、村级财务管理较薄弱，财会人员无证多、变动快，核算随意性大、差异事项多、管理不到位，审计延伸或专项追