国家新医改方案提出，公立医院改革要坚持主导与发挥市场机制相结合的要求，充分说明公立医院改革面临的新机遇和挑战。针对目前公立医院改革普遍存在认识不统一、政策不配套、工作不协调等主要问题，省提出了相应的对策。
改革管办不分，创新管理体制。按照医疗服务监管职能与医疗机构举办职能分开的原则，推进卫生及其他部门、国有企事业单位所属医院的属地化管理，逐步实现公立医院的统一管理。截至2009年年底，全省共完成282所国企自办医院的分离工作，占应分离医疗机构的95.3%。
改革政事不分，创新运行机制。
目前，先在公立医院全面推行院长公选制、员工聘用制与绩效工资制。2008年8月，云南省率先在昆明地区开展执业医师多地区执业试点，取得经验后在全省推广。截至2010年10月底，昆明市已办理医师多点执业1098人，办理人员占昆明地区医师注册人数的4.77%，其中在职人员占78.6%，退休人员占21.4%，