近两年来，农信社改革和发展取得了明显成效，在支持新农村建设中发挥了越来越大的作用，但农信社改革和发展还面临着许多困难和问题，亟待研究解决。
一、行业管理与法人治理的矛盾
一是省联社管理手段有限但责任无限。银监会和对省联社的要求很高，只要农信社出了问题，省联社都要承担责任。但受分级法人体制的制约，省联社管理权利有限，在贷款审批、违规责任人处理等一系列工作上不能放手管理。无限的责任与有限的职权，使省联社处于想管不敢管，不管又无法承担责任的两难境地，很多工作难以落实到位。
二是对农信社法人治理要求高但股东综合素质低。农信社现有股东中大部分是农民，且人数众多，股金分散，他们入股一来是出于对农信社过去支持的感激，二来是为了方便贷款，他们入股并不是为了投资，并受知识、能力和管理水平的限制，他们对农信社经营管理并不关心，农信社实际上还是由理事长、主任等经营层内部控制，使得农信社法人治理难以得到真正落实