济南市卫生局设11个职能处（室）和离退休
干部处及市中医管理局、市爱国卫生运动委员会办公室（一）办公室协助局领导组织协调机关日常工作；负责机关文秘、
档案、机要、保密、保卫、信访、信息、新闻报道和后勤服务工作；负责综合性文稿的起草工作；指导卫生系统信息化工作。（二）规划
财务处（
审计处）拟定全市卫生事业改革和发展规划；优化全市卫生资源配置，指导区域性卫生规划工作；指导预算管理单位的财务、
物价、内部审计、贷款项目工作；医学教育网搜集整理负责直属单位国有资产监督与管理工作；负责全市卫生统计工作。（三）卫生法制与监督处组织协调地方性法规、规章、标准的起草和修订工作；负责卫生行政应诉、复议和对卫生执法的监督工作；组织实施卫生综合执法工作，依法监管传染病、地方病和职业病的防治工作以及生活饮用水和公共场所、放射、
学校卫生监督工作；承担医疗卫生广告的监督工作。（四）医政处拟订全市医疗机构管理法规、规章制度和服务标准；组织实施医护人员执业资格、服务规范，监督医疗服务质量；负责医疗服务市场的管理、医疗机构的药事管理和医疗广告的技术出证；组织协调处理医疗事故争议和纠纷；指导市中心血站的采供血及医疗机构临床
安全用血和应急创伤、急救的日常管理工作。（五）疾病控制处（地方病防治办公室）拟定全市重大传染病、地方病、寄生虫病、慢性非传染性疾病及与公共卫生相关疾病的防治规划、政策措施并组织实施；负责全市疫情的报告和管理工作，组织对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、病情的蔓延。（六）
农村卫生管理处研究拟订全市农村卫生事业改革、发展相关政策；拟订全市农村初级卫生保健规划，协调指导实施并组织评估；综合协调全市农村卫生服务网络体系建设；医学教育网搜集整理建立和完善以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度和贫困农民救助制度；依法加强农村医药卫生监管，规范农村医疗服务市场；指导县（市）区开展乡村医生执业注册及相关管理工作。（七）卫生应急办公室（突发公共卫生事件应急指挥中心）组建并完善我市突发公共卫生事件的监测和预警系统，统一指挥和组织协调有关突发公共卫生事件应急处理工作；制定我市突发公共卫生事件应急预案，组织预案
培训和演练；组织协调全市